“信号塔大战”后，熊大、熊二和光头强的缩小器再度遗失。三人组合继续留守不夜城，找寻缩小器的回家之路更是状况频出，但他们从未放弃希望，最终与小动物们合力拯救小镇，呈现了一场精彩惊险的微观世界冒险之旅。
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一头小象经历了一次非凡的冒险，一路上学到关于友谊、爱和勇气的重要教训。
弗兰克（比尔·默瑞 Bill Murray 饰）是一个普通的动物园管理人，某一天，他误食了一枚被猴子啃过的苹果，一种名叫瑞克斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 配音）的病毒就这样来到了弗兰克的体内。同样是在这里，存在着一只名为奥兹（克里斯·洛克 Chris Rock 配音）的白血球，这是一只特立独行的白血球，它并不满足于平庸的日常，而是想要活出精彩，活出新意。
三年前的 8 月 31 日，突如其来的“侵略者”，—艘巨大的“母舰”降落至东京上空，世界似乎迎来了终结……在那之后，绝望融入了日常生活，巨大的圆盘飘浮在上空的世界持续到现在。小山门出、中川凰兰两个高中少女，在这个走向终结的世界中，挥洒着自己的青春时代。
