柏飞（陈山聪饰）、姜曦文（刘佩玥饰）、刘力（林子善饰）投身警队后师从罗友邦，四师徒感情深厚。三年前的追捕行动，友邦殉职、刘力重伤，曦文归咎于柏飞急功近利引致悲剧，友情破裂。一宗连环谋杀案再将柏飞、曦文联系起來，卧底温嘉莉（刘颖镟饰）奉命混入犯罪集团，却重遇前男友招俊朗（张振朗饰），关系纠缠不清。柏飞、曦文接二连三收到神秘讯息提示，上级遂将两组探员合并成神秘讯息情报科，侦查多宗扑朔迷离的命案。由手机助理发出的提示为何每每能引领团队超前破案，「她」是敌是友？
一个以CID为故事主干线的剧集，对剧中警探除工作外的个人性格均有深刻描述，主角人物童芷珊在工作、家庭、爱情三方面的剧情更具吸引力。杨森（曾江）与陈刚（吕良伟）在警界共事多年，已成知交。刚已婚，并有一子，夫妇二人感情甚好。森则脾气刚烈，经常被投诉，於是常有机会与投诉科女沙展郭倩宜接触。森虽然在工作上与宜是对立，但私底下却对宜展开追求，後得刚之帮助，森终夺得美人归。刚与妻恩爱非常，但不幸地在一宗抢劫案中，刚妻被匪徒枪袭身亡，使刚大受打击。经此之後，刚性格已变为冷酷深沉，不苟言笑。数年後，森已升为沙展，宜亦升为警民关系科主任。森对众手足极为关怀，唯脾气仍然火爆，与宜在工作上的矛盾，日形严重，导致日後夫妇在感情上，出现危机。童芷珊（陈玉莲）是森手下一名女探员，家庭背景极为复杂，本与母及妹相依为命，及後珊母再嫁给一名好食懒非的歌手，引致珊与妹的不满，家庭冲突时起。珊的性格孤僻，冷若冰霜；其实外冷内热，对其妹尤其关心，而且在工作上，干劲十足，甚获森的赏识。
宁日照 (吴孟达) 与弟日朗 (张兆辉) 相依为命，肩负父母之职，靠象牙工场维持生计，日常生活得邻居杨晓葵 (商天娥) 照顾，晓葵对日照日久生情。日朗与好友翁聿修 (罗嘉良) 同在一运输公司任职，两人对新来的女同事谷领弟 (锺淑慧) 均心怀好感，日朗为成全聿修无奈放弃，而领弟实对日朗有意，在朗情绪低落时加以劝慰，感情渐进。日照得悉晓葵心意後，借机回乡躲避，竟重遇当年梦中情人阮乔 (陈美琪) ，爱火重燃，以真情打动乔并申请其来港结婚，同时亦与父宁元敬及妹日嘉重聚，一家团圆，惜象牙禁运，日照顿血本无归，元敬父子情深替照还债，而阮乔望出外工作以帮家计，与日照产生磨擦，婚事搁置。
22年前，于澳门街内，朱莎娇是夜总会的台柱，与港大学生祝展辉发生了一段情并怀了身孕，展辉却要远赴纽约修读新闻系。因此，莎娇便独自一人诞下女儿祝君好。莎娇的歌坛姐妹文贵芳因受不住司警男友遗弃的打击，以腐蚀性液体灌害她的儿子文初，幸莎娇及时救回其性命，但文初却从此变成哑巴。莎娇收养了文初并抚养成人。22年后，君好与文初长大成人，展辉的爱徒司徒礼信在一次机缘巧合下，与君好及文初成了好友，并想尽办法医好文初的病。文初再遇生母芳，并用自己的储蓄为芳还债。此时，文初与礼信都发现自己爱上君好，文初为了君好的幸福而退出这段
神探郭Sir退隐执教A 班，训练风波不断，当年案件扑朔迷离、一再反转。
